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緑膿菌を対象としたIR Biotyperと分子疫学法での菌株分類の相関について

発表形態：: 原著論文
主要業績：: 主要業績
単著・共著：: 共著
発表年月：: 2021年12月

DOI：
会議属性：: 指定なし
査読：: 有り
リンク情報：

日本語フィールド

著者：

於保恵, 永沢善三, 船島由美子, 上田修, 渡邊真弥, 崔龍洙, 宮本比呂志, 末岡榮三朗

題名：

緑膿菌を対象としたIR Biotyperと分子疫学法での菌株分類の相関について

発表情報：

臨床微生物迅速診断研究会誌巻: 31 号: 1 ページ: 29-40

キーワード：

IR Biotyper, Multilocus Sequencing Typing, PCR-based ORF Typing, Pseudomonas aeruginosa

概要：

「はじめに」: 2018年より臨床微生物検査分野に新しい菌株の分類法としてフーリエ変換赤外分光光度計をベースにしたIR Biotyper(Bruker Daltonik GmbH, Germany)が導入され始めた. 私共はIR Biotyper(IRBT)による菌株の分類に関する有用性を評価するため分子疫学法と比較した. 「方法」: IRBTの精度を評価するために複数の施設から検出時期の異なる緑膿菌48菌株を対象に分子疫学(Multilocus Sequencing Typing; MLST and PCR-based ORF Typing; POT)との菌株分類の相同性を比較した. 「結果」: IRBTでは前培養に "KBM" SCD寒天培地を使用し, Cut-off value 0.181で分類した場合には12タイプ, MLSTでは8タイプ, POTでは13タイプに分類された. IRBTと分子疫学法と比較した際のAdjusted Wallace係数はMLSTの場合: 0.458(95%CI; 0.295～0.620), POTの場合: 0.330(95%CI; 0.135～0.525)であり, 菌株の分類に相関がみられなかった. 「結論」: IRBTと分子疫学法での分類結果に相関は見られなかった. 分子疫学法では特定の遺伝子領域のみの一致にて菌株を分類するが, IRBTはサンプルに赤外線レーザーを照射して分子構造に応じた吸収スペクトルの違いで菌株を分類するため, 測定原理が異なる. IRBTで菌株を分類する場合には, 検出された菌株の臨床情報を把握し, かつ同一施設で同時期に分離された複数の菌株などを対象に実施することが望ましい.

抄録：

英語フィールド

Author：

Megumi Oho, Zenzo Nagasawa, Yumiko Funashima, Osamu Ueda, Shinya Watanabe, Longzhu Cui, Hiroshi Miyamoto, Eisaburo Sueoka

Title：

Correlation of Strain Classification with IR Biotyper and Molecular Epidemiological Method of Pseudomonas aeruginosa

Announcement information:

JARMAN Vol: 31 Issue: 1 Page: 29-40

Keyword：

IR Biotyper, Multilocus Sequencing Typing, PCR-based ORF Typing, Pseudomonas aeruginosa

An abstract：

[Abstract] [Introduction]: From 2018, IR Biotyper (IRBT; Bruker Daltonik GmbH, Germany) based on the Fourier transform infrared spectrophotometer has begun to be introduced as a new strain classification method in the field of clinical microbiological examination. We compared it with molecular epidemiology method to evaluate the usefulness of strain classification by IRBT. [Method]: Homology of strain classification with molecular epidemiology method (Multilocus Sequencing Typing; MLST and PCR-based ORF Typing; POT) for 48 strains of Pseudomonas aeruginosa with different detection times from multiple institutions to evaluate the accuracy of IRBT was compared. [Results]: IRBT used "KBM" SCD agar medium for preculture and was classified into 12 types when classified by Cut-off value 0.181, 8 types by MLST, and 13 types by POT. In the Adjusted Wallace between IRBT and molecular epidemiology method, MLST was 0.458 (95% CI; 0.295 to 0.620) and POT was 0.330 (95% CI; 0.135 to 0.525), indicating a discrepancy in strain classification. [Conclusion]: No correlation was found between IRBT and the classification results by the molecular epidemiology method. In the molecular epidemiology method, strains are classified by matching only specific gene regions, but IRBT irradiates a sample with an infrared laser and classifies the strains according to the difference in absorption spectrum according to the molecular structure, so the measurement principle is different. When classifying strains by IRBT, it is desirable to grasp the clinical information of the detected strains and to target multiple strains isolated at the same facility at the same time.